（1）打开php的安全模式
php的安全模式是个非常重要的内嵌的安全机制，能够控制一些php中的函数，比如system()，同时把很多文件操作函数进行了权限控制，也不允许对某些关键字文件的文件，比如/etc/passwd，但是默认的php.ini是没有打开安全模式的，我们把它打开：
safe_mode = on
（2）用户组安全
当safe_mode打开时，safe_mode_gid被关闭，那么php脚本能够对文件进行访问，而且相同组的用户也能够对文件进行访问。而且相同组的用户也能够对文件进行访问。
建议设置为：
safe_mode_gid = off
如果不进行设置，可能我们无法对我们服务器网站目录下的文件进行操作了，比如我们需要对文件进行操作的时候。
（3）安全模式下执行程序主目录
如果安全模式打开了，但是却是要执行某些程序的时候，可以指定要执行程序的主目录：
safe_mode_exec_dir = /usr/bin
一般情况下是不需要执行什么程序的，所以推荐不要执行系统程序目录，可以指向一个目录：然后把需要执行的程序拷贝过去，比如：
safe_mode_exec_dir = /temp/cmd
但是，我更推荐不要执行任何程序，那么就可以指向我们网页目录：
safe_mode_exec_dir = /usr/www
（4）安全模式下包含文件
如果要在安全模式下包含某些公共文件，那么就修改一下选项：
safe_mode_include_dir = /usr/www/include/
其实一般php脚本中包含文件都是在程序自己已经写好了，这个可以根据具体需要设置。
（5）控制php脚本能访问的目录
使用open_basedir选项能够控制PHP脚本只能访问指定的目录，这样能够避免PHP脚本访问不应该访问的文件，一定程序上显示了phpshell的危害，我们一般可以设置为只能访问网站目录：
open_basedir = /usr/www
（6）关闭危险函数
如果打开了安全模式，那么函数禁止是可以不需要的，但是我们为了安全还是考虑进去。比如，我们觉得不希望执行包括system()等在内的执行明了的php函数，或者能够查看php信息的phpinfo()等函数，那么我们就可以禁止它们：
disable_functions
= system, passthru, exec, shell_exec, popen, phpinfo, escapeshellarg,
escapeshellcmd, proc_close, proc_open, dl
如果你要禁止任何文件和目录的操作，那么可以关闭很多文件操作
disable_functions
= chdir, chroot, dir, getcwd, opendir, readdir, scandir, fopen, unlink,
delete, copy, mkdir, rmdir, rename, file, file_get_contents, fputs,
fwrite, chgrp,chmod, chown
以上只是列了部分比较常用的文件处理函数，你也可以把上面执行命令函数和这个函数结合，就能给抵制大部分的phpshell了。
（7）关闭php版本信息在http头中的泄露
我们为了防止黑客获取服务器中php版本的信息，可以关闭该信息泄露在http头中：
expose_php = off
比如黑客在 telnet www.girlcoding.com:80 的时候，那么将无法看到PHP的信息
（8）关闭注册全局变量
在PHP中提交的变量，包括使用POST或者GET提交的变量，都将自动注册为全局变量，能够直接访问，这是对服务器非常不安全的，所以我们不能让它注册为全局变量，就把注册全局变量选项关闭：
register_globals = off
当然，如果这样设置了，那么获取对应变量的时候就要采取合理方式，比如获取GET提交的变量var，那么就要用$_GET['var']来进行获取，这个php程序员要注意。
（9）打开magic_quotes_gpc来防止SQL注入
SQL注入是非常危险的问题，小则网站后台被入侵，重则整个服务器沦陷，所以一定要小心。php.ini中有一个设置：
magic_quotes_gpc = off
这个默认是关闭的，如果它打开后将自动把用户提交对sql的查询进行转换，比如把’转为’等，这对防止sql注入有很大作用，所以我们推荐设置为：
magic_quotes_gpc = off
有次程序在本地的上传不好用了，但在服务器上好使~也可能是继承了discuz的核心文件造成的，获取路径出现了问题，后来打开这个参数，问题解决了。
（10）错误信息控制
一般php在没有连接到数据库或者其他情况下会有错误提示，一般错误信息中会包含php脚本当前的路径信息或者查询的SQL语句等信息，这类信息提供给黑客后，是不安全的，所以一般服务器建议禁止错误提示：
display_errors = Off
如果你确实要显示错误信息，一定要设置显示错误的级别，比如只显示警告以上的信息：
error_reporting = E_WARNING & E_ERROR
当然，我还是建议关闭错误提示。
（11）错误日志
建议在关闭display_errors后能够把是错误信息记录下来，便于查找服务器运行的原因：
log_errors = On
同时也要设置错误日志存放的目录，建议根apache的日志存在一起：
error_log = /usr/local/apache2/logs/php_error.log
注意：给文件必须允许apache用户或组具有写的权限。